たまにはプログラミングねたも書こうと思います。
RでTanimoto Distanceを算出する関数を作りました。
corと同じように使います。粗く言えばcorは相関係数なので「変化が似ている」、distanceは「絶対値が似ている」、Tanimotoはその間のイメージです。
tanimoto <- function(x){
if(is.data.frame(x)) x <- as.matrix(x)
n <- ncol(x)
ab <- t(x) %*% x
aa <- diag(ab)
aa.m <- matrix(rep(aa,n),n)
y <- ab/(aa.m + t(aa.m) - ab)
return(y)
}
よろしければ使ってやってください。現時点ではデータ中のNAは想定していませんので注意。
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